1. Ни за что не оставляйте программное обеспечение на своем сервере не обновленным.

Каждый месяц все новые и новые дыры находят в том или ином программном обеспечении. В 2012 году уязвимости были найдены в exim (занимается отправкой почты) и, всем известный, PhpMyAdmin. Немало клиентов пострадали от этого. В начале 2013 года были сломаны bind/named и apache web сервер у множества VDS/VPS. Если оно (программное обеспечение) у вас не обновлено, рано или поздно Ваш vds вскроют и все поломают. Вы потеряете данные и потратите итак недостающие нервы на исправление проблем и восстановление информации из бекапов.

Мы рекомендуем обновляться как минимум один раз в 6 месяцев.

2. Ни в коем случае не делайте бекапы своих сайтов и файлов на тот же VDS, где эти самые сайты и файлы размещены. Особенно это касается людей, которые делают бекап средствами ISPmanager панели управления. Бекап там хороший и работает, НО! за ним надо следить.

Бекапы своих сайтов и файлов на тот же VDS/VPS - это бесполезное и небезопасное занятие по трем причинам.

Первая причина состоит в том, что в один прекрасный момент место на VDS может кончиться, если Вы не уследите за местом на диске. В момент, когда место на диске кончается, а системные процессы (mysql, apache, nginx, syslog и тд.) продолжат пытаться записывать информацию на диск, повреждаются важные файлы системы и весь VDS. Такой процесс может привести к полной не работе операционной системы. Далее следует пункт два (вторая причина)
Вторая причина исходит из первой по причинно-следственной связи.
Если у вас из-за отсутствия места на диске поврежден VDS и система на нем, наш внешний бекап, включенный в тариф, снимет слепок вашем системы именно в том состоянии, в котором система находится или находилась на момент бекап процесса. Если система сломана, мы сделаем копию сломанной и нерабочей VDS.
Третья причина опять же выходит из второй. Если, а железо не вечное и поломки неизбежны, сервер, на котором размещается ваш VDS выйдет из строя, мы не сможем восстановить VDS из битой копии, сделанной бекап системой.

Итак Вы сами можете видеть, что делать бекапы лучше на внешний диск или FTP чем на свой VDS, иначе за сервером надо следить ежедневно, как мы делаем для клиентов у которых заказана расширенная поддержка.
Не делайте ошибок, которые сделали многие клиенты! Приобретите внешнее место на FTP для бекапов. Стоит это недорого, но данные будут в целостности и сохранности.

3. Ни в коем случае не пытайтесь играть в спеца и администратора рабочего сервера, где размещена не одна десятка ваших сайтов, если Вы не понимаете что Вы делаете. Вы можете поломать все так, что потом даже профессиональный администратор не исправит за 2-3 часа. Запомните! Если Вы что-то сломаете, не будут работать ваши сайты! Профессиональные администраторы сначала тестируют все на отдельном сервере, а затем уже производят действия на продакшн машине, которая ответственна за работу того или иного сайта, программы и так далее.